Stumholmen, strax öster om Trossö, fick redan i 1683 års befästningsplan rollen som produktions- och provianteringsområde med verkstäder och förråd. Området upplevs idag som en enda ö, vilket är resultatet av utfyllnader mellan Stumholmen, Laboratorieholmen och Bastion Kungshall. Här finns militära byggnader från 1700-tal och fram till 1950-tal.

Stumholmen var en stor arbetsplats till och med 1970-talet men är numera ett civilt område. Bebyggelsen kompletterades i början av 1990-talet med flerbostadshus. Här ligger också det nya Marinmuseum, öppnat 1997, med samlingar och utställningar kring örlogsflottan och varvet, samt en världsarvsportal.

Båtsmanskasernen byggdes år 1847 som logement för cirka 500 indelta båtsmän. På varje våning finns ett stort, öppet logement med plats för 250 man i hängkojer. Interiört skulle byggnaden ge känslan av ett riktigt fartyg. Golvet är välvt som ett däck och hade tidigare spygatter, och väggarna är klädda med ekplank som en bordläggning. I byggnadens mittlinje står mastliknande kolonner. Kasernen ansågs otidsenlig redan efter ett 10-tal år och blev förrådsbyggnad. Idag används Båtsmans-kasernen som konsthall.

Ett ”corps de garde” är en av de första byggnaderna som möter besökaren efter Stumholmsbron. Det är en av landets få bevarade vaktbyggnader från 1700-talet.

Tunnebodsmagasinet uppfördes år 1718 för lagring av de enorma mängder provianttunnor som Flottan hade behov av. Här inryms idag Centrala ledningen för Kustbevakningen.

Kronobageriet byggdes under 1730-talet i tre våningar. Här bakades hårda ”knaks” för sjöresorna och mjuk ”ankarstock” för folket i land. Mjölskutorna med rågmjöl från Lyckeby kronokvarn lade till precis intill bageriet. Huset byggdes om år 1908 då det höjdes med en våning och användes som beklädnadsförråd. Fasaden har fått behålla sin sträva arkitektoniska utformning, samtidigt som Kronobageriet på 1990-talet inreddes till flerbostadshus.

Slup- och barkasskjulet är en av Karlskronas märkligaste byggnader. Den uppfördes vid 1780-talets mitt för vinterförvaring av flottans mindre båtar. Markens lutning har tagits tillvara för att få naturliga slipar. Husets fascinerande takkonstruktion är sammansatt av tio sadeltak som korsar varandra. Därigenom bildas 16 brunnar för regnvattnet, som samlades upp i tunnor. Byggnaden används än idag för förvaring av båtar.

Kronohäktet byggdes åren 1910–11 som ett cellfängelse av så kallad philadelphiamodell. Den utvecklades under första halvan av 1800-talet och innebar att enmansceller låg längs väggarna, runt en central ljusgård. På baksidan av häktet fanns inhägnade rastgårdar i ”tårtbitsform” samt ett övervakningstorn. Kronohäktet var arrestlokal fram till 1970-talet.

Bastion Kungshalls läge fastställdes i 1683 års befästningsplan, och bastionen uppfördes strax därefter. Den fungerade som befästning under ett sekel. Åren 1787–92 byggdes uppe på bastionen ett lakegodsmagasin och det stora Kungshallsmagasinet med slakteri och magasinering av saltat kött och specerier. Salutkanonerna på bastionen ingår i ett av Sveriges tre fasta batterier där nationella hyllningssaluter avfyras.

Beklädnadsverkstaden byggdes 1921 och inrymde Marinens centrala beklädnadsverkstad, som blev en förebild för liknande industrier i övriga Europa. Den är ett exempel på 1920-talets industriarkitektur med tydliga klassicistiska drag och innehåller numera bostadslägenheter.

Hangarerna nr 3 och nr 4 uppfördes 1926 och 1929. De är de sista bevarade trähangarerna i landet. Hangar nr 4 har ett dubbelvälvt tak. Framför hangarerna finns trä- och betongslipar för sjösättning och uppdragning av flygplanen. Marinens sjöflygplan var förlagda till Stumholmen under åren 1914–1949.

Desinfektionshuset, sjukhuspaviljongen och kokhuset ligger på den tidigare avskilda Laboratorieholmen. Från början tillverkades här artilleripjäser. Efter fälttåget mot Ryssland åren 1788–90 förde den hemvändande flottan med sig ”fältsjukan” till staden. Omkring 10 000 invånare fick sätta livet till. På Laboratorieholmen uppfördes en provisorisk sjukhusinrättning, som senare permanentades och blev ett av Sveriges första kolera- och epidemisjukhus.