Vid planläggningen av den nya staden och dess befästningar samarbetade Erik Dahlbergh med Nicodemus Tessin den äldre och Carl Magnus Stuart. Den första stadsplanen färdigställdes av Stuart och stadfästes år 1683, men ersattes av en ny 11 år senare. På stads- och befästningsplanen från 1683 ligger i söder örlogshamnen, i väster en efter holländska förebilder utformad hamn- och kanalstadsdel för köpenskap och enklare bostadskvarter. I norr planerades borgerskapets kvarter och i öster marina försörjningsanläggningar. I öst-västlig riktning låg Amiralitetsgatan med bostadskvarter för de högre officerarna. I våra dagar benämns den östra delen av denna gata Alamedan. Björkholmen, väster om Trossö, planlades för de anställda vid flottan och varvet. Även offentliga inrättningar som sjukhus, apotek och badhus ritades in.

Planens centrala axel går från norr till söder, längs de båda Kungsgatorna, över Stortorget och Amiralitetstorget ner till Högvakten, gränsande till örlogsbasen. År 1887 sprängdes en tunnel där man drog räls från stadens järnvägsstation till varvet, och denna tunnel följer centralaxelns sträckning.