Redan från början bedrev den nya örlogsbasen utbildning. Huvuddelen av flottans manskap under 1700- och 1800-talen utbildades i Karlskrona. År 1685 bildades Skeppsgossekåren för att tillgodose behovet av fast anställda sjömän. Under de senaste decennierna (1960–1997) bedrevs utbildning inom Karlskrona Örlogsskolor vid två utbildningsbataljoner, Sparre och af Trolle, samt vid Bataljon Anckarstierna.

Skeppsgossekasernen Anckarstierna från 1870-talet, uppförd som kasern och skollokal för skeppsgossekåren, användes fram till 1939. Kasernen var på sin tid en högst modern inrättning och rönte uppmärksamhet för sin höga boendestandard. Från början av 1950-talet inrymdes här Varvsmuseum, senare Marinmuseum, som 1997 flyttade till den nya byggnaden på Stumholmen. Idag innehåller Skeppsgosse-kasernen kontorslokaler och Karlskrona kommuns kulturskola.

Kvarteret Sparre började återbebyggas efter den stora stadsbranden 1790. Idag finns i huvudsak fyra byggnadskomplex kring den stora kaserngården. De hade tidigare funktioner som kasern respektive kansli och exercishus, samt kokhus, badhus och tvätthus.

Kasernbyggnaden sträcker sig längs hela kvarteret vid Kyrkogatan. Den strikt klassicistiska fasaden härrör från en ombyggnad åren 1889–91. År 1989 flyttade Boverket in här.

Mot Drottninggatan ligger örlogsstabens kanslibyggnad från 1820-talet. Byggnaden fick den representativa nyrenässansfasaden vid en ombyggnad runt 1890.

Exercishuset vid Östra Prinsgatan tillkom år 1877 och har sedan dess byggts till i etapper. Här bedrevs praktisk utbildning, exercis och gymnastik.

Vid Stumholmskanalen låg Västra Kronobageriet och ett kronobränneri som förstördes i stadsbranden 1790. Åren 1900–1902 uppfördes ett tvåvånings kok-, bad- och tvätthus på platsen.

Bataljon af Trolle är den enda nu aktiva bataljonen. Den tillkom organisatoriskt år 1955. Byggnaderna är äldre och innehåller staber, skolor och övningsanläggningar samt verkstäder och kasernerna Najaden och Jarramas.