På Lindholmen finns många äldre anläggningar för byggnation, utrustning och reparation av örlogsskepp. På Lindholmen öppnades även Sveriges första station för trådlös telegrafering 1910.

Wasaskjulet, ursprungligen kallat Stora skeppsskjulet, restes år 1763 och gav plats för byggen av krigsskepp om upp till 70 kanoner. Att färdigställa ett sådant tog flera år, och under 1700-talet växte insikten att skrov och byggnadsmaterial behövde skyddas mot väder och vind under byggnadstiden. Wasaskjulets komplicerade takkonstruktion bärs upp av kraftiga stenpelare. Brädväggarna mellan stenpelarna är löstagbara. Markens naturliga lutning togs tillvara för skjulets slip. Namnet kommer av linjeskeppet Wasa med 60 kanoner som byggdes här år 1778.

Repslagarbanan från 1690-talet är en av Karlskronas äldsta bevarade byggnader och Sveriges längsta träbyggnad. Här tillverkades alla typer av tågvirke för seglande örlogsfartyg och produktionen pågick till början av 1960-talet. Repslagarebanan har två våningar och är 300 meter lång (1000 fot), vilket krävdes för att slå den längsta trossen.
I banans ändar finns de två banhuvudena, som är byggda i sten med putsade fasader och har en mer bearbetad arkitektur. I dessa lokaler lagrades och förbereddes råvaran till repen, ursprungligen hampa. När repslagarna skulle spinna garnen och slå repen gick de omväxlande fram- och baklänges genom hela banan.

Polhemsdockan byggdes åren 1717–1724. Skeppsdockan väckte internationell uppmärksamhet för sin storlek, placeringen insprängd i berget och den avancerade konstruktionen. Den beskrevs då som enastående i världen. Eftersom Östersjön saknar tidvatten, som på andra håll används för att fylla och tömma dockor, tvingades man här att använda handdrivna pumpar för att torrlägga bassängen.
Polhemsdockan invigdes 1724 då flottans största linjeskepp Kung Karl togs in för reparation. Den är brukbar än idag, nu dock med eldrivet pumpverk.

”Finska kyrkan”. På Söderstjärna, tidigare en ö med broförbindelse till Lindholmen, uppfördes en byggnad i tegel för tjärbehandling av tågvirke. Den brandfarliga verksamheten förlades således på säkert avstånd från övriga byggnader.