Stadens offentliga byggnader ritades i samverkan mellan Dahlbergh och Tessin den äldre. Dennes son, Nicodemus Tessin den yngre, fortsatte arbetet efter faderns död 1681.

I stadsplanen för Karlskrona intog kyrkorna en viktig plats och de placerades vid torget enligt antika ideal. Hela befolkningen hade kyrkoplikt och därför behövdes stora kyrkor. För den enväldige Karl XI hade religionen stor betydelse. Han lär ha sagt: ”Sann gudsfruktan är ett av de förnämste, nödigste och nyttigaste ting vid Vår krigsmakt.”

Den första stadskyrkan, Hedvig Eleonora kyrka, byggdes i trä vid paradgatan Drottninggatan i hörnet av Östra Köpmansgatan. Kyrkan revs i mitten av 1700-talet men kyrkogården finns idag kvar som en liten park.

Fredrikskyrkan, stadsförsamlingens kyrka, benämndes från början Svenska kyrkan eller Storkyrkan. Den ritades som en basilika med latinsk korsplan av Nicodemus Tessin d.y. på 1690-talet. Detta blev Tessins största kyrkobyggnad. Förebild för fasadens utförande var Santa Trinità dei Monti i Rom, belägen vid krönet av Spanska trappan. Fredrikskyrkan började byggas år 1720 och kunde år 1744 invigas och ersätta Hedvig Eleonora kyrka. Kyrkans nuvarande namn syftar på kung Fredrik I.

Heliga Trefaldighets kyrka. Bland borgarna som flyttade till Karlskrona fanns många tyskar. Med Hans Wachtmeister i spetsen fick de tillstånd att bygga en egen kyrka och byggnaden har därför även kallats Tyska kyrkan. Ritningarna till denna rundkyrka gjordes av Nicodemus Tessin d.y. efter italienska förebilder. Bygget påbörjades år 1697 och kyrkan invigdes år 1709, men var då ännu ofullbordad. Träkupolen var provisorisk och portiken mot torget saknades. Efter stadsbranden 1790 stod bara murarna kvar som ruiner. Kyrkorummet återuppbyggdes efter Tessins ritningar men kupolen gjordes lägre. Målning och träskulpturer utfördes av Johan Törnström.