En serie befästningar byggdes från tiden för örlogsbasens tillkomst och framåt, dels på Trossö och intilliggande öar, dels i havet vid de yttre, västra och östra redderna.

I enlighet med Erik Dahlberghs intentioner inleddes år 1680 arbetet med att befästa inloppet till Karlskrona genom byggandet av Drottningskärs kastell och Kungsholms fort. Drottningskärs kastell var ursprungligen huvudbefästningen, en roll som Kungsholmen övertog från början av 1800-talet. Längre in ligger befästningstornen Kurrholmen och Godnatt från 1800-tal och närmare staden befästningarna på Koholmen, Mjölnareholmen och Ljungskär från 1700-tal. Ursprungligen planerades hamn och skeppsvarv få skydd mot angrepp både från vatten eller land av en fästningsring.